Mega'Especial: Inazuma Eleven - Parte 2: O Jogo

O jogo é dividido em duas partes: uma se assemelha a um RPG, com várias localidades onde Endo e sua equipe terão que explorar a fim de obter novos itens, enfrentar vários outros jogadores em batalhas de curta duração para avançar na história. A maior parte dos objetivos desta parte são indicados por uma seta gigante roxa, a segunda parte é o jogo real: usando a stylus, o jogador move o time de futebol ao redor da outra equipe. O jogador pode evitar os ataques do adversário, combater e tirar a bola, ou usar uma habilidade especial disponível para os personagens que foram recrutados. O resultado de qualquer uma das ações de seus jogadores são determinados são por sete habilidades, a afinidade do jogador, e o número total de jogadores que participam na ação. Habilidades especiais só pode ser evitadas com outras habilidades, o que significa que elas sempre vencem as táticas básicas. Super Chutes e Super Defesas no entanto jogam simultaneamente, o que significa que, ao contrário de defender a bola, elas sempre consomem a Barra de Habilidade e no início são determinadas unicamente pela afinidade do jogador.
Modo de conexão
Os jogadores são capazes de enfrentar uns aos outros em via de modo wireless.